GTS 40-3-2的原始分子分析确定一个EPSPS DNA插入物已整合到基因组中。2000年5月提交的最新数据显示，GTS-40-3-2中存在额外的DNA序列。具体地，检测到与前述EPSPS插入物的终止元件相邻的CP4-EPSPS DNA的250碱基对（bp）片段和包含CP4-EPSPSDNA的72bp片段的第二插入物。进一步的分析表明，只有全长CP4-EPSPS mRNA和蛋白质在GTS 40-3-2中表达，并且两个额外DNA序列的存在不会导致任何mRNA或蛋白质的表达。总之，新检测到的序列是用于大豆转化的DNA的成分，并且与最初插入大豆基因组的基因没有不同。
使用酶联免疫吸附试验（ELISA）对转基因大豆GTS 40-3-2的种子和叶片中CP4-EPSPS的产生进行定量，估计分别为0.239和0.495µg/mg新鲜重量组织。天然存在的大豆胰蛋白酶抑制剂可抑制人和动物对蛋白质的正常消化，是生豆粕和面粉具有抗营养活性的主要原因。转基因GTS 40-3-2大豆与非转基因对照大豆的胰蛋白酶抑制剂活性无显著差异。
同样，通过血凝试验测定的植物凝集素或异黄酮糖苷的水平在转基因大豆和对照大豆之间没有显著差异。后一种物质，包括染料木黄酮和大豆苷，可以表现出雌激素和降胆固醇的活性。除了对草甘膦除草剂的耐受性外， 转基因大豆GTS 40-3-2 的病虫害和其他农艺性状与非转基因A5403大豆相当。
2000年5月提交的额外数据没有引起对胰蛋白酶抑制剂、凝集素或异黄酮葡糖苷水平的任何担忧，因为在所有原始安全性测试中使用的大豆中都存在额外的DNA片段
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